Maike Schubert ist seit 1993 im Schuldienst des Landes Schleswig-Holstein als Realschullehrerin tätig. Dabei unterrichtete sie sowohl am Förderzentrum mit den Schwerpunkt Lernen, Sprache sowie emotionale und soziale Entwicklung als auch an einer Förderschule für geistige Entwicklung wie auch an Grund- und Hauptschulen. Außerdem war sie einige Jahre im Institut für Qualitätsentwicklung SH in unterschiedlichen Abteilungen in der Fortbildung und Schulentwicklungsberatung und -begleitung tätig.
Von den Jahren 2001-2007 war sie an der Realschulen tätig. Mit der Schulgesetzänderung 2007 in Schleswig-Holstein gestaltete sie die konzeptionelle Neuausrichtung der Freiherr-vom-Stein-Schule Neumünster von der Realschule zu einer reformpädagogisch ausgerichteten Gemeinschaftsschule als Didaktische Leiterin und 2015 bis Anfang 2019 als Schulleiterin. Die Schule ist seit 2015 eine Modellschule für das Lernen mit digitalen Medien mit einem innovativem Lernsystem, das im Jahre 2016 mit dem Deutschen Schulpreis ausgezeichnet wurde.
Zurzeit ist sie Schulleiterin der Stadtteilschule Winterhude in Hamburg und in der Deutschen Schulakademie Themenleitung für das Lernen in der digitalen Welt.